Chegando a um período da vida em que não são crianças nem adultos, Hanabi Ayase e Aoi Yui, de 12 anos, se deparam com eventos que mudam suas vidas. Devido ao comportamento travesso de seus colegas do sexo masculino, Ayase não pensa muito no sexo oposto. No entanto, sua perspectiva começa a mudar depois que ela se junta ao bondoso Takao Yuuto para uma tarefa de classe e inesperadamente compartilha seus primeiros beijos no telhado da escola.
Com sua melhor amiga descobrindo o amor, Aoi anseia por buscar o seu. Ela se apaixona pela erupção Kazuma Hiyama depois de protegê-la de um pretendente rejeitado que havia falado pelas costas dela.
12-sai.: Chicchana Mune no Tokimeki segue as quatro nesta fase da adolescência. À medida que crescem lado a lado, este doce romance retrata a inocência e a emoção do primeiro amor.
[Escrito por MAL Rewrite]