Após uma guerra interplanetária no início do século 21, o planeta Terra ficou em ruínas, com grande parte de seu ecossistema completamente destruído. Como não era mais possível viver uma vida normal neste planeta, os habitantes são forçados a se mudar para outros planetas onde a vida será, esperançosamente, mais confortável.
A Deep Galactic Trade Organization, um governo totalitário que afeta muitos dos planetas recém-habitados, de alguma forma chegou à conclusão de que a música é uma fonte do mal e que deve ser banida e destruída para sempre. O grupo de talentos AKB0048 é logo formado, baseado nos membros originais do AKB48 que já viveram na Terra. Mesmo que sua música seja agora considerada universalmente ilegal, eles têm como missão trazer sua música de volta à vida viajando de um planeta para outro e realizando tantos shows quanto possível. Eles devem passar por um novo conjunto de métodos de treinamento para se tornarem os melhores que podem ser, evitando o perigo constante de serem presos por causa de sua música. Junte-se aos popstars interplanetários AKB0048 enquanto eles tentam salvar o mundo – com música!
