Os alunos retornam quando as aulas estão de volta para o segundo semestre. Após suas façanhas na ilha durante as férias de verão, a Classe 3-E continua a afiar suas lâminas com os olhos postos em seu professor, o escorregadio Koro-sensei. Eles têm mais com o que se preocupar do que apenas seu professor, no entanto, já que assassinos inimigos, tanto antigos quanto novos, estão querendo aumentar a recompensa pela cabeça do polvo.
Além disso, seus rivais na Classe A, bem como o temível diretor da Kunugigaoka Junior High, impedem a Classe E de alcançar a excelência acadêmica. Com todos esses obstáculos se opondo a eles, o grupo deve continuar a trabalhar em conjunto para superar seus inimigos e atingir seu objetivo de assassinar com sucesso seu professor.
[Escrito por MAL Rewrite]