Situado em uma série diferente de eventos, esta história não segue o cânone anterior do filme Appleseed (apesar de ser dirigido pelo mesmo diretor dos filmes anteriores); é uma história alternativa aos seus começos. Briareos já é um ciborgue e não se separou de Deunan para mais tarde se reunir no Olimpo para se juntar à ESWAT.
Appleseed Alpha retrata os primeiros dias de Deunan Knute e Briareos no século 22, enquanto eles embarcam em uma jornada pelas ruínas distópicas de Nova York em busca da cidade do Olimpo. Eles são contratados por Dois Chifres, o senhor da guerra da cidade em ruínas, para eliminar as máquinas de combate bípedes. Durante a luta, eles encontram Iris e Olson, ambos em uma missão. Deunan e Briareos fazem amizade com eles e decidem se juntar a sua missão.
Iris tem a tarefa de impedir que o malévolo ciborgue Talos capture uma arma secreta que os humanos estavam construindo. Talos usa Iris para ativar a gigantesca máquina de guerra.
(Fonte: Wikipédia)
