Em seu primeiro dia de ensino médio, Mato Kuroi conhece Yomi Takanashi. Embora Yomi fique inicialmente surpreso com a personalidade direta de Mato, o par rapidamente se torna amigo e começa a passar tempo juntos diariamente. Como sinal de amizade, Mato dá a Yomi um amuleto de celular – uma estrela azul, idêntica à dela.
No entanto, quando os dois entram no segundo ano, seu relacionamento começa a mudar. Colocado em uma classe diferente, Mato começa a passar mais tempo com Yuu Koutari, uma garota que ela conheceu através do time de basquete. Na verdade, os ex-melhores amigos se afastam tanto que Mato não consegue encontrar Yomi em lugar nenhum, como se ela tivesse desaparecido completamente.
Em outros lugares, Black★Rock Shooter está em uma missão para derrotar o Dead Master. Esses dois, embora opostos, têm uma conexão não muito diferente de Mato e Yomi. À medida que suas histórias começam a se cruzar, parece que o desaparecimento de Yomi pode ter a ver com o charme em forma de estrela azul e a lendária pistoleira.
[Escrito por MAL Rewrite]
