Blue Gender se passa em um futuro não muito distante em um mundo onde as coisas deram terrivelmente erradas para a humanidade. Os humanos foram substituídos no topo da cadeia alimentar pelos azuis, uma raça de alienígenas semelhantes a insetos que colonizaram a Terra e afastaram os humanos. Uma estação espacial, a Segunda Terra, foi construída como um refúgio seguro para os humanos, com a esperança de um dia recuperar a Terra mais uma vez.
Yuji Kaido foi congelado criogenicamente, tendo sofrido de uma doença conhecida como B-Cells. Uma vez despertado, ele se junta a uma equipe de soldados que vieram à Terra para resgatá-lo. Infelizmente, nada sai conforme o planejado enquanto eles voltam para a Segunda Terra.
Yuji terá que lidar com os horrores de uma guerra sangrenta enquanto ele e os lutadores da Segunda Terra procuram sobreviver. Eles serão capazes de reconquistar a Terra sem perder sua humanidade?
