Depois de anos de guerra infrutífera entre os quatro reinos de Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee e Leanbox) por compartilhar energia, a fonte de sua força baseada em quanto seu povo tem fé em suas deusas, as quatro CPUs que os governam finalmente assinou um tratado de amizade. O tratado proíbe qualquer tentativa de reivindicar a energia Share através da força militar, na esperança de trazer paz e prosperidade aos seus mundos. No entanto, um mês após o tratado, Neptune, a Deusa da CPU de Planeptune, passa seu tempo brincando e jogando em vez de fazer seu trabalho, deixando as Ações de sua terra despencando.
Choujigen Game Neptune The Animation segue Neptune e as tentativas de seus amigos de aumentar Ações, enquanto lidam com uma ameaça externa que pode significar o fim das Deusas e da própria Gamindustri…
