Na colônia marciana Quarta Tóquio encontra-se uma sala de aula das mentes mais brilhantes da Kirishina Corporation liderando o desenvolvimento aeroespacial: A-TEC, liderada pelo genial engenheiro Kaito Sera, ansiosamente antecipando a chegada de seu mais novo membro. Logo fica claro, no entanto, que o estudante transferido dificilmente é comum – Nagisa Kiryuu, recém-nomeado chefe da A-TEC e irmão mais novo do CEO da corporação, é enviado para encerrar o programa. Para manter a sala de aula viva, Kaito e seus alunos trabalham desesperadamente para desenvolver um sucessor de seu foguete mais poderoso, o X-2; enquanto isso, Nagisa sobe a escada corporativa em busca de sua própria missão. Apesar disso, suas batalhas separadas logo revelam que muito mais está acontecendo na Kirishina Corporation do que aparenta.
Classroom☆Crisis segue Kaito e Nagisa, assim como a irmã mais nova de Kaito, Mizuki, e a piloto de testes da A-TEC, Iris Shirasaki, em uma história de intriga, guerra política e, contra todas as probabilidades, romance. À medida que Nagisa e A-TEC são arrastados cada vez mais para as conspirações da Kirishina Corporation, as amizades crescem e o passado é revelado enquanto lutam para evitar a crise na sala de aula.
[Escrito por MAL Rewrite]