Após o encerramento do caso ‘Laughing Man’, a Seção 9 é restabelecida pelo recém-eleito primeiro-ministro do Japão, Youko Kayabuki, para combater a ameaça persistente do ciberterrorismo.
Um grupo que se autodenomina ‘The Individual Eleven’ começou a cometer atos de terror em todo o Japão. Enquanto Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou e os outros membros da Seção 9 investigam essa nova ameaça, o governo japonês enfrenta uma crise separada, já que refugiados estrangeiros deslocados pela Terceira Guerra Mundial buscam asilo no Japão. Mas à medida que os membros da equipe de operações especiais encontram Gouda Kazundo – um membro importante do Serviço de Inteligência do Gabinete – em sua caçada, eles começam a suspeitar que ele possa estar envolvido e que os eventos da crise dos refugiados e The Individual Eleven podem estar mais conectados do que imaginam…
[Escrito por MAL Rewrite]