Após o término do incrivelmente popular MMORPG de realidade virtual ‘The World’, uma nova versão do jogo – The World R:2 – é colocada online. Em seu primeiro dia no jogo, o recém-chegado Haseo acha que fez alguns amigos para fazer missões. No entanto, como se zombassem de seus sentimentos, eles matam seu personagem apenas por diversão. Felizmente, ele é salvo por um misterioso jogador maneta chamado Ovan, que se oferece para lhe mostrar o mundo.
Ao lado de Ovan e seu amigo clérigo Shino, Haseo desfruta de um maravilhoso primeiro ano no jogo. Mas essa vida pacífica é destruída quando o personagem de Shino é morto por uma figura familiar notoriamente conhecida como Tri-Edge, cujas vítimas caíram em coma no mundo real. Em um acesso de raiva, Haseo promete encontrar o indescritível Tri-Edge e matá-lo.
Ocorrendo durante o primeiro ano de Haseo no The World, .hack//Roots explora as amizades que Haseo construiu no jogo antes que Tri-Edge as arrancou.
[Escrito por MAL Rewrite]
